2019年5月，艾瑞深中國校友會網(Cuaa.Net)發布2019中國大學一流專業排名，南京中醫藥大學進入中國大學一流專業排名100強，其中6個本科專業榮膺中國五星級以上專業。這標志著南京中醫藥大學在推進國家“雙一流”和江蘇高水平大學建設進程中，內涵建設和辦學水平得到顯著提升。

艾瑞深中國校友會 2019中國大學一流專業排名評價指標由學科水平、培養質量、師資水平、專業水平和專業影響等五大指標構成，涵蓋了國家“雙一流”建設學科、教育部學科評估結果、國家級特色專業、省級特色重點專業、杰出校友和杰出師資等100多項指標。自2015年起，艾瑞深中國校友會網已連續5年發布中國大學一流專業排名。