南科大實施“2+2”的本科生培養模式。本科生招生時按理工大類錄取，新生入學不分專業，強化通識教育，打好學科基礎。學生在大一下學期（最晚在大二下學期）根據自身興趣和特長自由選擇專業，在“寬口徑、厚基礎”之上，優化專業教育，注重學科交叉。南科大這一以學生為中心的培養模式很好地規避了考生填報志愿時的盲目性帶來的風險，真正讓學生就讀自己喜歡且擅長的專業。