生物工程始辦于1952年的發(fā)酵工學(xué)專業(yè)，是當(dāng)代高科技的主要領(lǐng)域之一，是一門涉及基因工程、細胞工程、酶工程和發(fā)酵工程等多學(xué)科的工程技術(shù)學(xué)科。本專業(yè)以發(fā)酵工程為特色，是全國最早設(shè)立的培養(yǎng)生物工程高級技術(shù)人才的專業(yè)之一。

生物工程專業(yè)是國家特色專業(yè)，教育部首批“卓越工程師”建設(shè)專業(yè)、教育部首批專業(yè)改革綜合試點專業(yè)和江蘇省品牌專業(yè)，專業(yè)主要面向輕工、發(fā)酵等相關(guān)國民經(jīng)濟重要行業(yè)培養(yǎng)創(chuàng)新領(lǐng)軍人才，取得了豐富的成效。

該專業(yè)以發(fā)酵工程為依托，堅持走工業(yè)生物技術(shù)特色發(fā)展之路，將專業(yè)建設(shè)與科技創(chuàng)新、隊伍建設(shè)相結(jié)合，專業(yè)擁有多個國家級科研平臺，建有一批國家級優(yōu)秀教學(xué)資源，建有包括Sealed Air（荷蘭）實訓(xùn)基地在內(nèi)多個國內(nèi)外實踐基地，同時專業(yè)是“國家生命科學(xué)技術(shù)人才培養(yǎng)基地”主要依托專業(yè)，已成為國內(nèi)領(lǐng)先的我國生物工程產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新、創(chuàng)業(yè)人才的重要培養(yǎng)基地和科研中心。

主干課程：生物化學(xué)、微生物學(xué)、化工原理、發(fā)酵工程原理與技術(shù)、生化工程等。

畢業(yè)去向：畢業(yè)生可在生物工程與工業(yè)生物技術(shù)領(lǐng)域內(nèi)從事制藥、環(huán)保、氨基酸、有機酸、酶制劑、釀酒、酒精及高附加值生物制品的研究與開發(fā)、項目設(shè)計、生產(chǎn)管理、商品檢驗、產(chǎn)品營銷與技術(shù)服務(wù)等工作，也可以考研或出國深造。本專業(yè)擁有發(fā)酵工程碩士學(xué)位授予點（全國第一批）、發(fā)酵工程博士點(國內(nèi)最早)、輕工技術(shù)與工程博士后流動站，為畢業(yè)生提供進一步深造的優(yōu)良條件。

近5年來，本專業(yè)共培養(yǎng)畢業(yè)生700多人，出國深造及攻讀博士的比例為15%，到大中型企事業(yè)工作的比例為50%。另有近20名畢業(yè)生正在世界排名前200大學(xué)，如美國加州大學(xué)戴維斯分校、美國伊利諾伊大學(xué)芝加哥分校、美國普渡大學(xué)、美國華盛頓州立大學(xué)等國外高水平大學(xué)攻讀博士學(xué)位。而在相關(guān)大中型企業(yè)中，如杰能科、克朗斯、Sealed Air、青島啤酒、日本天野酶制劑株式會社、聯(lián)合利華和中糧等，也分布著大量本專業(yè)培養(yǎng)的技術(shù)骨干。

優(yōu)秀校友代表：季克良，1964級本科，茅臺酒集團原董事長，榮獲全國“五一”勞動獎?wù)?；蒲堅?978級本科，中信集團副總裁；馮露，1983級本科，南開大學(xué)長江學(xué)者特聘教授，杰出青年基金獲得者；李寅，1995級本科，中科院工業(yè)生物技術(shù)研究所副所長，中科院“百人計劃”人選；鄧禹，2002級本科，美國堪薩斯州立大學(xué)助理教授；張曉娟，2006級本科，美國達特茅斯學(xué)院助理研究員。