“三海一核”（即船舶工業、海軍裝備、海洋開發、核能應用）特色和優勢是學校在長期辦學實踐中積淀形成的立校之本、興校之源、強校之基。

50年代末，陳賡院長就提出了“尖端集中、常規分散”的辦學思想，集中優勢、猛攻尖端，成為“哈軍工”在短期內實現跨越發展的重要因素之一；“哈船院”時期，學校在“為海軍建設服務，為造船工業服務”的辦學方略指引下，迅速發展壯大，被確定為全國重點大學；80至90年代，學校克服困難，穩步提升，在船舶工業、海軍裝備技術和海洋開發等國家戰略性領域做出了獨特的重要貢獻，以鮮明的“三海”（海運、海防、海洋）特色，進入首批國家“211工程”建設高校行列；20世紀末，學校歸屬發生變化，成為原國防科工委委屬大學中唯一擁有核學科的大學。基于對學校歷史優勢和國家需求的前瞻性思考，新世紀初學校正式確立“三海一核”辦學特色，從二次黨代會“三海一核”特色辦學理念，再到三次黨代會上升為全面指導辦學實踐的核心方略，學校找準了一條體現優勢、特色發展的辦學之路。

學校堅持把“三海一核”辦學方略體現在辦學指導思想中，落實到辦學實踐中，逐步形成了學科專業建設導向“三海一核”、人才培養面向“三海一核”、科學研究指向“三海一核”、社會服務走向“三海一核”的辦學格局。學校黨委將2016年確定為“三海一核”辦學特色體系化建設年，提出“三海一核”辦學特色體系化建設將著力從學科專業、人才培養、科技創新、隊伍建設、文化體系和制度體系五個方面形成體系化的舉措來發展“三海一核”，使“三海一核”辦學特色，貫穿于學校人才培養、科學研究、社會服務和文化傳承創新的各項功能。學校“十三五”規劃提出到2020年左右，基本建成特色鮮明的高水平研究型大學，船核特色學科群達到或接近世界一流，學校成為我國“三海一核”領域最具品牌影響力的高層次人才培養基地、若干學科科技水平的標志、若干重要科技成果轉化的源頭，成為國家工業化、信息化和國防現代化建設不可或缺的重要支撐。

建校以來，學校培養的7萬多名畢業生有3萬多名輸送到“三海一核”行業，“十二五”期間，畢業生在國防系統單位就業比例始終保持在40%以上，他們陸續成為這些行業的科技精英和管理精英。據統計，在船舶工業系統140多家單位中，技術和管理領軍人才約有40%畢業于哈爾濱工程大學；國防工業“兩總”（總指揮、總工程師）人才中哈爾濱工程大學畢業生占5.6%。我國首個自主研制的“蛟龍號”載人潛器，3名潛航員中2人為哈爾濱工程大學校友。哈工程已經成為我國“三海一核”領域最大的高層次人才培養基地和重要的科學研究基地。學校多次受到工信部和教育部表彰，航天科技集團、核工業集團等單位多次授予哈爾濱工程大學“輸送人才突出貢獻獎”，中組部、總裝備部等五部委聯合授予學校“高技術武器裝備發展建設工程突出貢獻獎”和“航母建設突出貢獻獎”。