健行學院是學校拔尖創新人才的培養實驗區，是全校優秀學子身份象征的榮譽學院，著眼于培養知識、能力、素質協調發展，數理基礎扎實、人文素養高、富有家國情懷、國際視野、創新思維的未來優秀科學家和行業領軍人才。健行學院實驗班學生來源有兩種途徑：一是高考直接招生。高考考生報考健行學院實驗班須高出浙江省一段線50分（含）以上。或者報名浙江工業大學“三位一體”A組并入圍。二是校內擇優選拔。健行學院面向其它專業（類）的學生，在進校一學期后結合高考成績、在校學業狀況，并組織面試綜合選拔。學生在一年級階段不分具體專業，以核心課程為主進行基礎強化教育，二年級后可在全校范圍內確定專業（藝術類專業除外），進行專業培養。