2006年啟動的“三三制”人才培養方案將大學四年分成“大類培養”“專業培養”和“多元培養”三個階段，并將第三個“多元培養”階段設計為“專業學術類”“交叉復合類”和“就業創業類”三個發展路徑。“三三制”改革的根本就是通過大類通識培養階段讓學生確定明確的興趣，讓其自由選擇專業方向，把對未來發展的選擇權交給學生自己。南京大學一進校是沒有嚴格的專業帽子的，新生經過“大類培養”后通過專業選擇進入“專業培養”階段學習，而后根據發展意愿選擇相應路徑畢業。

按學科大類招生后，人才培養體系做了相應變化，學生又增加了一次從學科類到院系的選擇機會。即將“大類培養”階段再分為“學科類層面培養”和“學科層面培養”兩個階段，并在原有的“專業分流”和“多元培養分流”前面增加了“學科分流”路徑。