完成招生大類到培養專業之間的銜接是開展大類招生的關鍵，在這一方面南大已進行了近30年的具體實踐。創辦于1989年的基礎學科強化班至今仍是國家理科基礎科學人才培養基地中唯一的多學科綜合點。大理科班實施“以重點學科為依托，按學科群打基礎，以一級學科方向分流，貫通本科和研究生教育”的培養模式。按照“多次選擇、逐步到位”的原則，學生可分流至八個學科方向?！叭啤笔谴罄砜瓢嗳瞬排囵B模式向全校各學科的推廣運用。同時，南大創造性地提出了“專業最低準入和準出”機制，將課程作為人才培養的主線。即學生完成目標專業所設定的“最低準入”課程即可轉入該專業，完成某一專業規定的“最低準出”課程并達到畢業條件，即可申請從該專業畢業。遵循這一機制，按學科大類招生后，一個學生可以有“三次選專業”和“三次轉專業”的機會。

第一次“選專業”是在高考填報志愿時選擇目標專業所在的學科大類；第二次是經過“學科類層面培養”后選擇目標專業所在的院系，即“學科分流”；第三次是由院系選擇目標專業，即“專業分流”?！皩W科分流”和“專業分流”在部分大類分步開展，在部分大類同步完成。

第一次“轉專業”是在第二學期末（大一下），如果沒有分流至目標專業所在院系，你可以通過修讀目標專業要求的“最低準入”課程申請轉入該專業學習。第二次是在第四學期末（大二下），如果你的專業興趣發生遷移，你還可以再修讀其他專業要求的“最低準入”課程申請轉入這一專業學習。第三次是在完成主修專業的同時，通過直接修讀第二專業要求的“最低準出”課程，申請獲得南京大學“第二專業證書”。