藥學院成立于2001年，目前設有藥學、藥物制劑、制藥工程3個本科專業，擁有“藥學”（涵蓋藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學6個二級學科）、“中藥學”2個一級學科碩士學位授權點和“制藥工程”工程碩士授權領域，其中藥學一級學科為江蘇大學重點學科，2014年“生物技術及其醫藥轉化”獲批江蘇高校優勢學科建設工程。學院下設中藥學與藥學系、藥劑學系、制藥工程系和藥學中心實驗室，現有在校本科生 675人，碩士研究生143人。學院現有專任教師54人，其中教授12人，副教授27人，博士生導師7人，碩士研究生導師36人，具有博士學位教師100%（含在讀），海外留學經歷者達51.8%，“國家百千萬人才工程”入選人員1人，國家有突出貢獻中青年專家1人，江蘇省“333高層次人才培養工程”中青年科技領軍人才1人，省“雙創團隊”領軍人才1 人，省杰出青年基金獲得者1人，“江蘇特聘教授”2人，“江蘇省高層次創新創業人才引進計劃”（雙創計劃）2人，江蘇高校“青藍工程”中青年學術帶頭人1人、優秀青年骨干教師2人，江蘇省“六大人才高峰”4人，享受國務院政府特殊津貼人員2人。同時聘請多位企業研發管理高級人才作為兼職教師，在理論及實踐領域對學生進行全方位培養。
學院以“教好書、育好人、創好藥”為辦學宗旨，始終以學生為中心，堅持高水平、國際化的特色，培養學生全方位的綜合能力與素質。專業教師全面參與學生在校期間的生活、學習及科技創新等方面的指導工作，建立了入學指導、專業指導、學業指導、科技創新指導、畢業論文指導等多方位的學生指導體系。教師教風嚴謹，學生學風優良，在第十三屆“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽中榮獲特等獎。學院注重國際化進程，與美國哈佛大學、南加州大學、日本京都大學等海外高校建立了學術交流與協作關系，聘請了多名海外知名專家為學院兼職教授。學生在校期間可通過名校訪學項目赴哈佛大學、耶魯大學等名校學習交流、可參加“三國三校”國際學術研討會等國際學術交流活動。學院已招收來華留學本科生、碩士研究生、博士研究生。
學院科研學術氛圍濃厚，近年來承擔國家“十一五”、“十二五”國家科技支撐計劃項目、國家“863”項目子課題、國家自然科學基金、江蘇省自然科學基金、江蘇省科技支撐項目等各級各類課題80余項，總經費3000余萬元；獲省市科技進步獎14項，其中教育部科技進步一等獎1項，中國商業聯合會科技進步特等獎1項，省部級政府二等獎3項，申請發明專利100余項，其中國際PCT專利3項，授權49項（其中美國專利3項），作為第一或通訊作者在Chemical Society Reviews（IF33.383）、Cancer Cell(IF: 26.566)、Advanced Functional Materials（IF：11.088）、Biomaterials(IF:8.577)、Small(IF:8.368)等國際權威雜志發表多篇高水平論文，主編、參編《藥劑學》、《中藥制藥化學》等論著17部。目前共建了江蘇省名方制劑開發與中試研究科技服務平臺、江蘇省超臨界萃取天然藥物工程技術研究中心、水飛薊深度開發工程技術研究中心，“安徽省石斛產業化開發協同創新中心”協同單位，與江蘇索普興大藥業等企業聯合建設了合成藥物研發中心、天智綠業藥物研究所等研究機構，已逐步形成了納米藥物傳遞與干細胞組織工程、脂筏色譜與中藥篩選、生物活性化合物合成篩選、藥物設計及其作用機理、物質基礎及藥理機理、道地藥材品質評價、天然活性成分高效分離與產品開發、中藥新制劑與質量評價、藥用新材料等特色研究方向。
十六年來，學院充分積極發揮綜合大學的優勢，通過學科交叉、滲透，工藥結合，努力創建特色專業與特色學科，不斷提高辦學質量與辦學層次，采取專業教育與素質教育相結合、第一課堂教育與第二課堂教育相結合、校內教育與校外教育相結合等多種方法，培養學生的創新能力、實踐能力和責任意識，已為國家培養輸送了2700多名從事研究、開發或應用的高級技術人才，涌現了一大批技術骨干。近五年畢業生就業率均超過95%，畢業生普遍受到用人單位好評。
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